Under 1400-talet låg det sätesgårdar på den plats där idag Mälsåkers slott ligger. Dessa var uppförda som enklare trähus. Vid 1500-talets senare del uppfördes det första stenhusen på platsen. Grunden till dessa hus finns kvar än idag som källarvåning i nuvarande slottet.

Två släkter som omnämns som ägare är Trana och Kagg. Stenhuset uppfördes av släkten Kagg.

Krigen från förra seklet fortsatte ett par decennier in på 1700-talet med stort lidande som följd. Därefter blev det lite lugnare i riket fram till seklets sista decennium. Pesten härjade i början på seklet, bl.a. 1710 i Stockholm.

I mitten på seklet övergick slottet i släkten von Fersens ägo genom giftermål mellan Hans von Fersen och Gustaf Soops dotterdotter Eleonora Margareta. Deras son Axel von Fersen d.ä. inrättade bostad i slottet för familjen med fru och fyra barn, se porträtten till höger. Familjen von Fersen hade flera slott runt om i landet men bodde tidvis på Mälsåkers slott. Den kanske mest berömde medlemmen i släkten är Axel von Fersen d.y. som sades vara älskare till Frankrikes drottning Marie Antoinette. Båda gick våldsam död till mötes, Marie halshöggs i Paris 1793 och Axel slogs ihjäl av mobben i Stockholm 1810 anklagad för att ha förgiftat Sveriges kronprins, den danske prinsen August. Axel bodde inte i slottet som vuxen utan det ärvdes av hans bror Fabian.

Slottet var i släkten von Fersens ägo till mitten av 1800-talet då släkten dog ut på manssidan för att sedan i slutet av samma århundrade dö ut helt.

Familjen Sjögren bodde i slottet under de första 18 åren av seklet, därefter var Marys ärvda pengar slut efter de vidlyftiga renoveringsprojekten och slottet såldes efter en konkurs. Slottets alla inventarier såldes på auktion eller flyttades till andra slott. Slottet förföll nu en tid då ingen bodde där.

Under ett par år under andra världskriget ägdes slottet av Norska staten och man bedrev där militär utbildning för tänkta motståndsmän. En kall januarikväll 1945 eldades det friskt  i slottets alla eldstäder så mycket så att det uppstod brand på vinden pga sprickor i en av skorstenarna. Hela taket brann upp och rasade ned i översta våningen så att denna blev förstörd. Slottet stod utan tak ett par år och skadades allvarligt av vatten, snö och is. 1951 övergick slottet i statens ägo som därefter förvaltat det.
Under 1960-talet fanns det tankar från ägarens sida att använda slottet sim magasin för dokument. Dessa tankar resulterade i att en del bjälklag i slottet revs och ersattes med betongbjälklag, vilka idag är kvar i en del rum.

I slutet av seklet och en bit in på nuvarande sekel genomfördes renovering av delar av slottet i den s.k. byggnadshyttan. Detta genomfördes dels som en arbetsmarknadsåtgärd och dels som ett projekt för utbildning av hantverkare i äldre byggnadsteknik.

Stallarholmsskolans elever blir 1998 faddrar för Mälsåkers slott, något de fortfarande är.